最近開發了一類自組裝支鏈兩親肽膠囊（BAPC），可用作新的藥物遞送載體。BAPCs在組裝過程中可以包封高達～12 kDa的溶質，異常穩定，并且容易被細胞毒性低的細胞吸收。粗粒度模擬支持BAPC由雙層定義，類似于二酰磷脂形成的雙層。在這里，進行了原子模擬以表征由三種支鏈兩親性肽（BAP）形成的雙層的結構和組織：雙（AcFLIVIGSII）-K-K4-CO-NH2，雙（Ac-CHA-LIVIGSII）-K-K4-CO-NH2和雙（Ac-FLIVI）-K-K4-CO-NH2。結果表明，除了疏水側鏈相互作用外，BAPs在同一小葉內形成分子內和分子間主鏈氫鍵網絡。 兩個小葉的末端殘基形成一個將兩個小葉鎖定在一起的叉指區域。雙（Ac-FLIVIGSII）-K-K4-CO-NH2和雙（Ac-FLIVI）-K-K4-CO-NH2中的苯基在雙層中心附近緊密堆積，但不形成具有特定π?π堆積的有序結構。用環己烷側鏈取代苯基僅略微增加雙層結構的無序水平，因此不會顯著影響穩定性，這與雙（Ac-CHA-LIVIGSII）-K-K4-CO-NH2 BAPC的實驗結果一致。自組裝模擬進一步表明，小葉交叉可能發生在BAPC形成的早期階段。原子模擬還表明，BAPC雙層對水具有高度滲透性。 使用將BAPCs轉移到不同鹽濃度的緩沖液時包封的自猝滅染料的熒光測量驗證了這一預測。在原子水平上對BAPC雙層組織和結構的更好理解將為未來合理修改BAP序列以改善BAPC作為新型運載工具的特性提供基礎。